Nova Armilo por Tuberkulozo-Diagnozo kaj Drog-rezista Detekto: Nova Generacia Celita Sekvencado (tNGS) Kombinita kun Maŝina Lernado por Tuberkulozo-Hipersenteca Diagnozo
Literatura raporto: CCa: diagnoza modelo bazita sur tNGS kaj maŝinlernado, kiu taŭgas por homoj kun malpli bakteria tuberkulozo kaj tuberkuloza meningito.
Teztitolo: Tubercul-celata venontgeneracia sekvencado kaj maŝinlernado: ultra-sentema diagnoza strategio por pacaj pulmaj tubuloj kaj tubforma meningito.
Periodaĵo: 《Clinica Chimica Acta》
SE: 6.5
Eldondato: januaro 2024
Kombinite kun la Universitato de Ĉina Akademio de Sciencoj kaj Pekina Brusta Hospitalo de Kapitala Medicina Universitato, Macro & Micro-Test establis tuberkulozan diagnozan modelon bazitan sur la nova generacio de celita sekvencado (tNGS) teknologio kaj maŝinlernado metodo, kiu provizis ultra-alta. detekto-sentemo por tuberkulozo kun malmultaj bakterioj kaj tuberkuloza meningito, disponigis novan hipersensivan diagnozan metodon por la klinika diagnozo de du specoj de tuberkulozo, kaj helpis la precizan diagnozon, drogrezistan detekto kaj traktadon de tuberkulozo.En la sama tempo, estas trovite ke la plasma cfDNA de la paciento povas esti utiligita kiel taŭga provaĵospeco por klinika specimenigo en la diagnozo de TBM.
En ĉi tiu studo, 227 plasmaj specimenoj kaj cerbo-spina fluida specimenoj estis uzataj por establi du klinikajn kohortojn, en kiuj la laboratoriaj diagnozaj kohortoj estis uzataj por establi la maŝinlernmodelon de tuberkuloza diagnozo, kaj la klinikaj diagnozaj kohortoj estis uzataj por kontroli la establitan. diagnoza modelo.Ĉiuj specimenoj unue estis celitaj de speciale dizajnita celita kapta enketilo por Mycobacterium tuberculosis.Tiam, surbaze de TB-tNGS-sekvencaj datumoj, la decida arbomodelo estas uzata por fari 5-oblan krucvalidadon sur la trejnado kaj validumaro de la laboratoria diagnoza vico, kaj la diagnozaj sojloj de plasmaj specimenoj kaj cerbo-spinaj fluidaj specimenoj estas akiritaj.La akirita sojlo estas alportita en du testajn arojn de klinika diagnozovico por detekto, kaj la diagnoza agado de la lernanto estas taksita per ROC-kurbo.Fine oni akiris la diagnozan modelon de tuberkulozo.
Fig. 1 skema diagramo de esplordezajno
Rezultoj: Laŭ la specifaj sojloj de CSF DNA-provaĵo (AUC = 0.974) kaj plasma cfDNA-provaĵo (AUC = 0.908) determinitaj en ĉi tiu studo, inter 227 specimenoj, la sentemo de CSF-provaĵo estis 97.01%, la specifeco estis 95.65%, kaj la sentemo kaj specifeco de plasma specimeno estis 82.61% kaj 86.36%.En la analizo de 44 parigitaj specimenoj de plasma cfDNA kaj cerbo-spina likva DNA de TBM-pacientoj, la diagnoza strategio de ĉi tiu studo havas altan konsistencon de 90.91% (40/44) en plasma cfDNA kaj cerbo-spina fluida DNA, kaj la sentemo estas 95.45% (42/44).En infanoj kun pulma tuberkulozo, la diagnoza strategio de ĉi tiu studo estas pli sentema al plasmaj specimenoj ol la Xpert-detektrezultoj de stomakaj sukaj specimenoj de la samaj pacientoj (28.57% VS 15.38%).
Fig. 2 Analiza agado de tuberkuloza diagnoza modelo por popolaj specimenoj
Fig. 3 Diagnozaj rezultoj de parigitaj specimenoj
Konkludo: Hipersentema diagnoza metodo por tuberkulozo estis establita en ĉi tiu studo, kiu povas provizi diagnozan ilon kun la plej alta detekta sentemo por klinikaj pacientoj kun oligobacillary tuberkulozo (negativa kulturo).Detekto de hipersentema tuberkulozo surbaze de plasma cfDNA povas esti taŭga specimenospeco por la diagnozo de aktiva tuberkulozo kaj tuberkuloza meningito (plasmoprovaĵoj estas pli facile kolekti ol cerbospina likvaĵo por pacientoj suspektitaj je cerba tuberkulozo).
Originala ligilo: https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/s0009898123004990?per% 3Dihub
Mallonga enkonduko de Macro & Micro-Test tuberkulozo serio detekto produktoj
Konsiderante la komplikan specimenan situacion de tuberkulozaj pacientoj kaj diversaj bezonoj, Macro & Micro-Test provizas kompletan aron de NGS-solvoj por likvaĵa eltiro el sputo-provaĵoj, konstruo kaj sekvencado de la biblioteko de Qualcomm kaj analizo de datumoj.La produktoj kovras rapidan diagnozon de tuberkulozaj pacientoj, drogrezistan detekton de tuberkulozo, tajpadon de mycobacterium tuberkulozo kaj NTM, hipersentemeca diagnozo de bakteri-negativa tuberkulozo kaj tuberkulozo, ktp.
Seriaj detektkompletoj por tuberkulozo kaj mikobakterioj:
| Item No | nomo de produkto | produkta testa enhavo | specimena tipo | aplikebla modelo |
| HWTS-3012 | Specimena liberiga agento | Uzita en la likviga traktado de sputaj specimenoj, akiris unuaklasan rekordan numeron, Sutong Machinery Equipment 20230047. | sputo | |
| HWTS-NGS-P00021 | Qualcomm-kvant-detekta ilaro por hipersentema tuberkulozo (sonda kapta metodo) | Ne-invasiva (likva biopsio) hipersensiveco detekto por bakteri-negativa pulmotuberkulozo kaj cerbaj noduloj;La specimenoj de homoj suspektitaj esti infektitaj kun tuberkulozo aŭ ne-tuberkulozaj mikobakterioj estis analizitaj per altprofunda sinsekva metagenomics, kaj la detektaj informoj ĉu tuberkulozaj aŭ ne-tuberkulozaj mikobakterioj estis infektitaj kaj la ĉefaj unualiniaj drogrezistaj informoj de mycobacterium tuberculosis. estis provizitaj. | Ekstercentra sango, alveola lava fluidaĵo, hidrotorakso kaj ascito, fokusa trapikaĵo, cerbo-spina likvaĵo. | Dua generacio |
| HWTS-NGS-T001 | Mikobakterio-tajpado kaj drogrezista detekta ilaro (multeksa plifortiga sekvencmetodo) | Mikobacterium-tajpa testo, inkluzive de MTBC kaj 187 NTM；Drogrezista detekto de Mycobacterium tuberculosis kovras 13 medikamentojn kaj 16 kernajn mutaciolokojn de drogrezistgenoj. | Sputo, alveola lava fluido, hidrotorakso kaj ascito, fokusa trapikaĵo, cerbo-spina likvaĵo. | Dua/tria generacio duobla platformo |
Kulminaĵoj: HWTS-NGS-T001 Mikobacterium-tajpado kaj detektado de drogrezista ilaro (multeksa plifortiga metodo)
Produkta enkonduko
La produkto baziĝas sur la ĉefaj unua- kaj dualiniaj medikamentoj priskribitaj en la gvidlinioj pri traktado de TB de la OMS, makrolidoj kaj aminoglikozidoj kutime uzataj en la kuracaj gvidlinioj de NTM, kaj la drogrezistaj ejoj kovras ĉiujn unu grupon de drogrezist-rilataj ejoj en la OMS Mycobacterium tuberculosis kompleksa mutacio katalogo, same kiel aliaj raportitaj drogrezistaj genoj kaj mutacioejoj laŭ la enketo kaj statistiko de altpoentadaj literaturoj hejme kaj eksterlande.
Tajpa identigo baziĝas sur la NTM-trostreĉoj resumitaj en la NTM-gvidlinioj publikigitaj de Ĉina Revuo pri Tuberkulozo kaj Spiraj Malsanoj kaj la konsento de spertuloj.La dezajnitaj tajpaj enkondukoj povas plifortigi, sekvencon kaj komenti pli ol 190 NTM-speciojn.
Per celita multipleksa PCR-amplifiga teknologio, la genotipaj genoj kaj medikament-rezistemaj genoj de Mycobacterium estis plifortigitaj per multipleksa PCR, kaj la amplikonkombinaĵo de celgenoj por esti detektita estis akirita.La plifortigitaj produktoj povas esti konstruitaj en du-generaciajn aŭ triageneraciajn alt-produktajn sekvencbibliotekojn, kaj ĉiuj duageneraciaj kaj triageneraciaj sekvencaj platformoj povas esti submetitaj al alta-profunda sekvencado por akiri la sekvenformojn de celgenoj.Komparante kun la konataj mutacioj enhavitaj en la enkonstruita referenca datumbazo (inkluzive de la OMS Mycobacterium tuberculosis kompleksa mutaciokatalogo kaj ĝia rilato kun medikament-rezisto), la mutacioj ligitaj al medikament-rezisto aŭ malsaniĝemeco de kontraŭ-tuberkulozaj medikamentoj estis determinitaj.Kombinite kun la mem-malfermita sputospecimena traktado solvo de Macro & Micro-Test, la problemo de malalta nuklea acida plifortiga efikeco de klinikaj sputospecimenoj (dekoble pli alta ol tiu de tradiciaj metodoj) estis solvita, tiel ke drogrezista sekvenca detekto povas esti. rekte aplikite al klinikaj sputoprovaĵoj.
Produkta detekta gamo
34drogrezist-rilataj genoj de18kontraŭ-tuberkulozaj drogoj kaj6NTM drogoj estis detektitaj, kovrante297ejoj kontraŭ drogoj;Dek specoj de Mycobacterium tuberculosis kaj pli ol190specoj de NTM estis detektitaj.
Tablo 1: Informoj pri 18+6 Drogoj +190+NTM
Produkta avantaĝo
Forta klinika adaptebleco: la sputospecimenoj povas esti rekte detektitaj kun mem-likviga agento sen kulturo.
La eksperimenta operacio estas simpla: la unua raŭndo de plifortiga operacio estas simpla, kaj la biblioteko-konstruo finiĝas en 3 horoj, kio plibonigas la laborefikecon.
Ampleksa tajpado kaj drogrezisto: kovrante la tajpadon kaj drogrezistajn ejojn de MTB kaj NTM, kiuj estas la ŝlosilaj punktoj de klinika zorgo, preciza tajpado kaj drogrezista detekto, subtenante sendependan analizan programaron kaj generante analizajn raportojn per unu klako.
Kongrueco: kongruo de produktoj, adaptiĝante al ĉefaj platformoj ILM kaj MGI/ONT.
Specifo de produkto
| Produkta kodo | nomo de produkto | Detekta platformo | specifoj |
| HWTS-NGS-T001 | Mikobakterio-tajpado kaj drogrezista detekta ilaro (multeksa plifortiga metodo) | ONT、Illumina、MGI、Salus pro | 16/96rxn |
Afiŝtempo: Jan-23-2024