Nova armilo por tuberkuloza diagnozo kaj detekto de drogoj: nova generacio celita sekvencado (TNGS) kombinita kun maŝina lernado por tuberkuloza hipersensiva diagnozo
Literatura Raporto: CCA: Diagnoza modelo bazita sur TNGS kaj maŝina lernado, kiu taŭgas por homoj kun malpli bakteria tuberkulozo kaj tuberkuloza meningito.
Teza Titolo: Tuberkulo-celita Sekva-Generacia Sekvencado kaj Maŝina Lernado: Ultra-Sentema Diagnoza Strategio por Paucfific Pulmonary Tubulars kaj Tubula Meningito.
Perioda: 《Clinica Chimica Acta》
Se ： 6.5
Dato de Publikigado: januaro 2024
Kombinita kun la Universitato de Ĉina Akademio de Sciencoj kaj Pekina Brusta Hospitalo de Ĉefurbo Medicina Universitato, Macro & Mikro-Testo establis Tuberkulozan Diagnozan Modelon bazitan sur la nova generacio de celita sekvencado (TNGS) teknologio kaj maŝina lernado-metodo, kiu provizis Ultra-altan Detekta sentiveco por tuberkulozo kun malmultaj bakterioj kaj tuberkula meningito, provizis novan hipersensivecan diagnozan metodon por la klinika diagnozo de du specoj de tuberkulozo, kaj helpis la precizan diagnozon, detekton de drogoj kaj kuracado de tuberkulozo. Samtempe oni trovas, ke la plasma cfDNA de la paciento povas esti uzata kiel taŭga specimeno por klinika specimenado en la diagnozo de TBM.
En ĉi tiu studo, 227 plasmaj specimenoj kaj cerebrospinalaj fluidaj specimenoj estis uzataj por establi du klinikajn kohortojn, en kiuj la laboratoriaj diagnozaj kohortaj specimenoj estis uzataj por establi la maŝinlernan modelon de tuberkuloza diagnozo, kaj la klinikaj diagnozaj kohortaj specimenoj estis uzataj por kontroli la establitan Diagnoza modelo. Ĉiuj specimenoj unue estis celitaj de speciale dizajnita celita kapta sondilo por Mycobacterium tuberculosis. Tiam, surbaze de sekvencaj datumoj de TB-TNGS, la modelo de decida arbo estas uzata por plenumi 5-obla kruc-validigo sur la trejnado kaj validumaj aroj de la laboratoria diagnoza vosto, kaj la diagnozaj sojloj de plasmaj specimenoj kaj cerebrospinalaj fluidaj specimenoj estas akiritaj. La akirita sojlo estas alportita en du testajn arojn de klinika diagnoza vosto por detekto, kaj la diagnoza agado de la lernanto estas taksita per ROC -kurbo. Fine, la diagnoza modelo de tuberkulozo estis akirita.
Fig. 1 Skema Diagramo de Esplora Projekto
Rezultoj: Laŭ la specifaj sojloj de CSF -DNA -specimeno (AUC = 0.974) kaj plasma cfDNA -specimeno (AUC = 0.908) determinita en ĉi tiu studo, inter 227 specimenoj, la sentiveco de CSF -specimeno estis 97.01%, la specifeco estis 95.65%, kaj La sentiveco kaj specifeco de plasma specimeno estis 82,61% kaj 86,36%. En la analizo de 44 parigitaj specimenoj de plasma cfDNA kaj cerebrospina fluida DNA de TBM -pacientoj, la diagnoza strategio de ĉi tiu studo havas altan konsistencon de 90,91% (40/44) en plasmo cfDNA kaj cerebrospina fluida DNA, kaj la sentive (42/44). En infanoj kun pulma tuberkulozo, la diagnoza strategio de ĉi tiu studo estas pli sentema al plasmaj specimenoj ol la rezultoj de Xpert -detekto de specimenoj de gastrika suko de la samaj pacientoj (28,57% kontraŭ 15,38%).
Fig. 2 Analiza agado de tuberkuloza diagnoza modelo por specimenoj de populacio
Fig. 3 Diagnozaj rezultoj de parigitaj specimenoj
Konkludo: Hipersensiva diagnoza metodo por tuberkulozo estis establita en ĉi tiu studo, kiu povas provizi diagnozan ilon kun la plej alta detekto -sentiveco por klinikaj pacientoj kun oligobacila tuberkulozo (negativa kulturo). Detekto de hipersensiva tuberkulozo bazita sur plasma cfDNA povas esti taŭga specimeno por la diagnozo de aktiva tuberkulozo kaj tuberkuloza meningito (plasmaj specimenoj estas pli facile kolekti ol cerebrospina fluido por pacientoj suspektataj de cerba tuberkulozo).
Originala ligo: https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0009898123004990? tra%3dihub
Mallonga Enkonduko de Macro & Mikro-Test-Tuberkuloza Serio Detektaj Produktoj
Konsiderante la komplikan specimenan situacion de tuberkulozaj pacientoj kaj diversaj bezonoj, Macro & Micro-Test provizas kompletan aron de NGS-solvoj por likvaĵa eltiro de sputum-specimenoj, Qualcomm-biblioteka konstruado kaj sekvenco, kaj datuma analizo. La produktoj kovras rapidan diagnozon de tuberkulozaj pacientoj, detekto de drogoj de tuberkulozo, tajpado de mikobacteria tuberkulozo kaj NTM, hipersensiveco-diagnozo de bakterioj-negativaj tuberkulozo kaj tuberkulaj homoj, ktp.
Seriaj detektaj kitoj por tuberkulozo kaj mikobakterioj:
| Ero ne | Produkta Nomo | Enhavo de Produkta Testado | Ekzempla tipo | aplikebla modelo |
| HWTS-3012 | Specimen -liberiga agento | Uzita en la likva traktado de sputaj specimenoj, akiris unuaklasan rekordan numeron, SUTONG-maŝinaro-ekipaĵon 20230047. | Sputum | |
| HWTS-NGS-P00021 | Qualcomm Quantity Detection Kit por hipersensiva tuberkulozo (Probe Capture Method) | Ne-invasiva (likva biopsio) hipersensema detekto por bakterioj-negativaj pulmaj tuberkulozo kaj cerbaj noduloj; La specimenoj de homoj suspektataj esti infektitaj per tuberkulozo aŭ ne-tuberkuloza mikobakterioj estis analizitaj per alta depra sekvencado de metagenomiko, kaj la detektaj informoj pri ĉu tuberkulozo aŭ ne-tuberkuloza mikobacterioj estis infektitaj kaj la ĉefaj unuaj rezistemaj drogoj de mikobacterium-etucoj de micobacterium de mikobacterioj de mikobacoj de mikobacoj de mikobacoj de mikobacoj de mikobacoj de mikobacoj de mikobacterioj de mikobacoj de mikobacoj de mikobacterioj de mikobacterioj de mikobacterioj de mikobacterioj de mikobacterioj de mikobacterioj de mikobacterioj de mikobacterioj de mikobacterioj de mikobacterioj de mikobacterioj de mikobacterioj de mikobacterioj. estis provizitaj. | Periferia sango, alveola lavita fluido, hidrotorakso kaj ascito, fokusa punkta specimeno, cerebrospina fluido. | Dua Generacio |
| HWTS-NGS-T001 | Mycobacterium tajpado kaj drog -rezista detekto -ilaro (Multiplex -amplifila sekvenca metodo) | Mycobacterium tajpanta testo, inkluzive de MTBC kaj 187 NTM；Detekto de drogaj rezistoj de Mycobacterium tuberculosis kovras 13 drogojn kaj 16 kernajn mutaciajn lokojn de genoj de drogaj rezistoj. | Sputo, alveola lavita fluido, hidrotorax kaj ascito, fokusa punkta specimeno, cerebrospina fluido. | Dua/tria generacio duobla platformo |
Maksimumoj: HWTS-NGS-T001 Mycobacterium Typing kaj Drug Rezistance Detection Kit (Multiplex Amplification Method)
Enkonduko de Produkto
La produkto baziĝas sur la ĉefaj unuaj kaj duaj linioj priskribitaj en la gvidlinioj de TB-TB Kiu Mycobacterium tuberculosis kompleksa mutacio-katalogo, same kiel aliaj raportitaj genoj kaj mutacioj de drogoj laŭ la enketo kaj statistiko de alt-poentaj literaturoj ĉe hejmo kaj eksterlande.
Tajpanta identigo baziĝas sur la NTM -streĉoj resumitaj en la NTM -gvidlinioj publikigitaj de Ĉina Revuo pri Tuberkulozo kaj Respirataj Malsanoj kaj la konsento de spertuloj. La projektitaj tajpaj printiloj povas amplifi, sekvenci kaj noti pli ol 190 NTM -speciojn.
Per celita multiplex-PCR-amplifila teknologio, la genotipaj genoj kaj drog-rezistemaj genoj de Mycobacterium estis amplifitaj per multiplex-PCR, kaj la amplikona kombinaĵo de celaj genoj por esti detektita estis akirita. La amplifitaj produktoj povas esti konstruitaj en dua-generacia aŭ tria-generacia alt-trafa sekvencado de bibliotekoj, kaj ĉiuj dua-generaciaj kaj tria-generaciaj sekvencaj platformoj povas esti submetitaj al alt-profunda sekvenco por akiri la sekvencajn informojn de celaj genoj. Komparante kun la konataj mutacioj enhavitaj en la enkonstruita referenca datumbazo (inkluzive de la OMS Mycobacterium tuberculosis kompleksa mutacio-katalogo kaj ĝia rilato kun drog-rezisto), la mutacioj rilataj al drog-rezisto aŭ susceptibilidad de kontraŭ-tuberkulozaj drogoj estis determinitaj. Kombinita kun la mem-malfermita sputa specimena traktado-solvo de makro kaj mikro-testo, la problemo de malalta nuklea acida amplifila efikeco de klinikaj sputaj specimenoj (dekoble pli alta ol tiu de tradiciaj metodoj) estis solvita, tiel ke detekto de drogaj rezistoj povas esti detekto rekte aplikita al klinikaj sputaj specimenoj.
Produkta detekto
34genoj rilataj al drogaj rezistoj de18kontraŭ-tuberkulozaj drogoj kaj6NTM -drogoj estis detektitaj, kovrante297ejoj de drogo; Dek specoj de mikobacterium tuberkulozo kaj pli ol190Specoj de NTM estis detektitaj.
Tabelo 1: Informoj pri 18+6 drogoj+190+NTM
Produkta Avantaĝo
Forta klinika adapteco: La sputaj specimenoj povas esti rekte detektitaj kun mem-likva agento sen kulturo.
La eksperimenta operacio estas simpla: la unua raŭndo de amplifila operacio estas simpla, kaj la biblioteka konstruado estas finita en 3 horoj, kio plibonigas la laboran efikecon.
Ampleksa tajpado kaj drog -rezisto: kovrante la tajpajn kaj drogajn rezistajn lokojn de MTB kaj NTM, kiuj estas la ŝlosilaj punktoj de klinika konzerno, preciza tajpado kaj detekto de drogoj, subtenado de sendependa analiza programaro kaj generado de analizaj raportoj per unu klako.
Kongruo: Produkta kongruo, adaptante al ĉefaj ILM kaj MGI/ONT -platformoj.
Produkta Specifo
| Produkta Kodo | Produkta Nomo | Detekta platformo | Specifoj |
| HWTS-NGS-T001 | Mycobacterium tajpado kaj drog -rezista detekto -ilaro (Multiplex -amplifila metodo) | Ont 、 Illumina 、 Mgi 、 Salus Pro | 16/96rxn |
Afiŝotempo: Jan-23-2024